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Voici, quelques définitions de termes couramment employés dans le programme Natura 2000.
Biodiversité :
= diversité biologique. La biodiversité représente la richesse biologique, la diversité des organismes vivants, ainsi que les relations que ces derniers entretiennent avec leur milieu. Elle est subdivisée généralement en trois niveaux : diversité génétique au sein d’une même espèce, diversité des espèces au sein du vivant et diversité des écosystèmes à l’échelle de la planète.
Comité de pilotage :
Groupe de personnes dont la composition est désignée par arrêté préfectoral, représentant l’ensemble des usagers d’un site Natura 2000 et chargé d’en suivre la gestion.
Document d'objectifs (DOCOB) :
Il définit, pour chaque site Natura 2000*, les orientations de gestion et de conservation, les modalités de leur mise en œuvre et les dispositions financières d'accompagnement. Il est établi par le Préfet, avec la participation du comité de pilotage* Natura 2000.
Espèce d’intérêt communautaire :
Espèce en danger ou vulnérable ou rare ou endémique (c’est-à-dire propre à un territoire bien délimité ou à un habitat spécifique) énumérée : - soit à l’annexe II de la directive « Habitats, faune, flore » et pour lesquelles doivent être désignées des Zones Spéciales de Conservation, - soit aux annexes IV ou V de la Directive « Habitats, faune, flore » et pour lesquelles des mesures de protection doivent être mises en place sur l’ensemble du territoire.
Etat de conservation favorable :
Une espèce ou un habitat est dans un état de conservation favorable lorsqu’elle/il prospère et a de bonnes chances de continuer à prospérer à l’avenir.
Habitats :
Espace ou milieu physique (caractérisé par un sol, un climat,...) dans lequel vit (« habite ») une plante, un animal, un groupe de plantes ou un groupe d'animaux.
Indicatrice (espèce) :
Qualifie une espèce dont la présence à l’état spontané renseigne qualitativement ou quantitativement sur certains caractères écologiques de l’environnement.
ZICO :
Les Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ou ZICO). Il s’agit de zones comprenant des milieux importants pour la vie de certains oiseaux (aires de reproduction, de mue, d’hivernage, zones de relais de migration). Ces zones ne confèrent aux sites concernés aucune protection réglementaire.
ZPS :
Les Zones de Protection Spéciales, désignées au titre de la directive « Oiseaux » de 1979, sont l’instrument de protection et de gestion des espaces importants pour la reproduction, l’alimentation, l’hivernage ou la migration des espèces d’oiseaux rares ou vulnérables.
ZSC :
Les Zones Spéciales de Conservation, désignées au titre de la directive « Habitats Faune Flore » de 1992, sont l’instrument de protection et de gestion des milieux naturels, des plantes ou des espèces animales actuellement rares et vulnérables.
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Natura 2000 
